核工程技术实验教学中心隶属学校管理，相对独立于学院。学校在宏观规划建设与管理方面给予指导，聘任中心主任统一领导整个中心，实行“统一管理、统筹规划、资源共享、有效利用”的总体管理模式。实验教学中心主任按照人才培养目标的总体要求，按照中心定位和总体目标实施建设，全面负责实验教学中心的运行与管理。

目前，中心内部实行“中心主任－室负责人－实验人员”三级责任制。有利于实验教学资源在空间环境、实验设施、教学队伍、经费保证和运行管理方面的统一协调，提高管理水平和综合效益。